Muzeul de Istorie, încă de la începuturile funcţionării clădirii ca Palat Administrativ, a fost prevăzut cu reţea electrică şi corpuri de iluminat. A fost prima clădire din judeţul Botoşani în care fost instalat sistemul de electricitate şi încălzire centrală cu calorifere. În sala de consiliu (Sala Mare sau Sala Oglinzilor) a fost instalat un candelabru stil Ludovic al XVI-lea, realizat la Paris, cu înălţimea de 1,70 m şi diametrul de 1 m, care poate fi admirat şi azi. Sala de consiliu are un aspect somptuos, fiind mai înaltă decât restul sălilor din clădire, având pereţii îmbrăcaţi, în partea inferioară in lambriuri de lemn de stejar şi scuturi din stucaturi amplasate deasupra uşilor pe care este redată stema judeţului. Plafonul este decorat cu stucaturi şi cu o frumoasă friză in culori pastelate.  Pe unul dintre pereţii sălii de consiliu poate fi admirat tabloul monumental realizat de Artur Verona, realizat la comanda Prefecturii care îşi dorea să „ilustreze o scenă câmpenească, inspirată de stema judeţului”,  având o lungime de 3,75 m x 2,70 m.

Parcursul expoziţional cuprinde 16 săli în care sunt prezentate aspecte ale preistoriei şi istoriei locale. Fondul aparţinând perioadei paleolitice, cu o vechime de 30.000 de ani cuprinde   arme din piatră cioplită şi os, resturi fosile ale unor animale preistorice, precum şi un exponat unic pentru zona noastră: un adăpost din paleolitic, parţial reconstituit. Unele dintre cele mai interesante piese sunt cele încadrate în Cultura Cucuteni, în vitrine fiind numeroase artefacte impresionante prin modul de realizare şi decorul lor. Vasele şi statuetele aparţinând acestei civilizaţii sunt fiecare unicat pentru perioada în care acestea au fost realizate. Civilizaţia dacică precum şi cea post-romană sunt reprezentate în cadrul expoziţiei permanente prin descoperiri de excepţie făcute ca urmare a cercetărilor arheologice în siturile botoşănene. Perioada medieval surprinde prin bijuteriile şi tezaurele monetare, precum şi prin documentele care atestă dezvoltarea zonei. Perioada dintre cele două războaie mondiale este ilustrată de documente originale privind dezvoltarea urbanistică, viaţa economică, politică şi socială a judeţului Botoşani.